Стоит ли доводить до суда?

Уважаемые господа юристы, очень прошу Вас прокомментировать следующую ситуацию.
Доначислен налог на имущество физических лиц за 2004,2005,2006 годы в связи с тем, что раньше налоговики считали по каждой квартире отдельно, а потом их осенило что нужно считать по суммарной стоимости. Ставки 0,1% со стоимости до 500 т.р., 0,5% со стоимости свыше 500 т.р. Таким образом, если две квартиры стоимостью по 300000 р. каждая, налог составляет по мнению налоговиков 600000*0,5%=3000р.
Если читать закон, то да, там сказано, налог взимается с суммарной инвентаризационной стоимости по каждой категории объектов.
Но есть: письмо ФНС №21-5-07/248 от 28.07.05г., в котором написано что нужно брать с суммарной стоимости, и что эта позиция ФНС не противоречит позиции Верховного суда, изложенной в решении №ГКПИ 01-1816 от 27.12.2001г., в котором в свою очередь излагается такая позиция, что объекты разной стоимости относятся к разным типам критерий - стоимость), и налог соответственно берется по каждой категории и приведен конкретный пример:

"1. Исчисление суммарной инвентаризационной стоимости каждого типа объектов:
250 000 руб. + 250 000 руб. = 500 000 руб.
450 000 руб.
600 000 руб.
2. Исчисление налогов:
500 000 руб. х 0,1% = 500 руб.
450 000 руб. х 0,3% = 1350 руб.
600 000 руб. х 2% = 12 000 руб.
3. Определяется общая сумма налога:
500 руб. + 1350 руб. + 12 000 руб. = 13 850 руб."

Вопрос у меня в следующем: можно ли на основании этого письма и решения ВС доводить дело до судебного взыскания налога? Я правильно понимаю, что налоговики могут взыскать налог только через суд, и будет ли суд выслушивать все эти доводы? Или нужно мне самой подавать в суд на обжалование решения налогового органа?

Очень надеюсь на ответ.