Разные КПП - это разные организации?

Организация из Москвы выставила нам счёт на оплату материалов со своими реквизитами ИНН/КПП 77хххххххх/77ххххххх. Мы оплатили этот счёт, а получать материалы следовало с их склада в области. Там мы получили счёт-фактуру с реквизитами ИНН/КПП 77хххххххх/50ххххххх.
Такое расхождение я встречаю впервые. Нет ли здесь нарушения в порядке оформления счетов-фактур? Как вести учёт организации в справочнике контрагентов, если у организации много обособленных подразделений с разными КПП?

Andre, отгрузка обособленным подразделением орг-ии, нормально это. вести учет как с одним юр.лицом

Кстати, в тему. У меня такой покупатель есть. Отгружали и головную фирму и филиал. Филиал, с другим КПП, просит акт сверки подписать, где только их долг (71 тыс.). У меня в учете естественно одно юр. лицо, общий долг больше 500 тыс :(
Я, понятное дело, подписывать не хочу. Как правильно? Чем мотивировать, если отказ?