трансп. расходы у посредника

Подскажите пожалуйста. Мы оптовая фирма-посредник. Нам поставщик выставил счет в котором есть транспортные расходы. После отгрузки выдал нам с/ф и предоставил ж/д накладную. В счет-фактуре транспортные расходы указаны в размере 6000, а в накладной 3500. Я понимаю, что они накрутили. Но я что-то слышала, что мы можем паринять только документально подтвержденые расходы. А документом подтверждающим реальный расход является ж/д накладная.
Я искала в правовых системах какой-нибудь документ об этом, но не нашла. может подскажете, правильно ли я понимаю суть вопроса. Потому что если это так, то нам надо чтобы поставщик переделал нам документы и сумму транспортных расходов указал, как в ж/д накладной, а оставшееся видимо можно оформить просто как услуги по упаковке, или как тару.

Он мог заложить в транспортные расходы не только ж/д, к тому же в ж/д накладной они часто без НДС указаны, так что на ж/д накл. смотреть нечего.

Но ведь поставщик не является транспортной организацией. Я точно где-то что-то читала по этому вопросу, вот только не могу найти где...

а он вам и написал "расходы", а не услуги.

Спасибо