КДиР Надо ли?

ИП на 6%
Как правильно формировать книгу для налоговой, нужно ли чтобы там отражалось уплата налогов, и другие вещи не попадающие под объект налогообложения.

Вообще-то книгу Вы для себя формируете. Показываете только доходы.