Все по месту регистрации ИП. Дело в том, что налоговая путает ИП с организациями. У организаций могут быть обособленные подразделения, у ИП - нет. ст.11 НК
Цитата:
обособленное подразделение организации - любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места. Признание обособленного подразделения организации таковым производится независимо от того, отражено или не отражено его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, и от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение. При этом рабочее место считается стационарным, если оно создается на срок более одного месяца;
Если у организации есть обособка, то НДФЛ с тех, кто работает там уплачивается по месту регистрации обособленного подразделения ст. 226 п. 7 НК
Цитата:
Налоговые агенты - российские организации, указанные в пункте 1 настоящей статьи, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.
Про ИП, как видите, слова не сказано.
Зато там же, в этом пункте сказано другое
Цитата:
Совокупная сумма налога, исчисленная и удержанная налоговым агентом у налогоплательщика, в отношении которого он признается источником дохода, уплачивается по месту учета налогового агента в налоговом органе.
По поводу пенсионного. Опять-таки Вас путают с организацией имеющей обособку. ст. 24 п.8 закона 167-ФЗ Об обязательном пенсионном страховании в РФ
Цитата:
Страхователи - организации, в состав которых входят обособленные подразделения, уплачивают страховые взносы по месту своего нахождения, а также по месту нахождения каждого из обособленных подразделений, через которые эти страхователи выплачивают вознаграждения физическим лицам.
Определение условий для применения тарифов страховых взносов производится в целом по организации, включая обособленные подразделения.
Про ИП опять ни слова