Как составить счет?

Выставляю счет на оплату на продукцию, за которую была получена предоплата 30%
В названии товара нужно как-нибудь указывать, что оплачивается 70% цены товара?

Выставляйте счет на полную сумму.

pifey, на основании чего была уже произведена оплата (30%)?

На основании договора, где будет сказано, что предоплата 30%.
Это с бюджетом расчеты?

Да надо, согласно договору,
так же в первой строке счета можно с минусом указать 30%,
а счет выставить на всю сумму, программа сама сминусует.