счета

А есть существенная разница между 44 и 91,2 счетом в торговле ???

Смотря что вы понимаете под "существенным" в данном случае.
44 - расходы по обычным видам деятельности
91 - прочие расходы.
Что к чему относится смотрите в ПБУ

Book Keep, вообще то вопрос скорее философский - на мой взгляд существенной разницы между использованием того или иного номера счета для учета актива, обязательства или капитала. Существенно то, как вы будете использовать номера вашего плана счетов