Как оформить документально?

В данный момент взялась вести бухгалтерию ИП (ЕНВД, грузоперевозки), столкнулась с тем что в марте 2008г. на р/сч ИП в банке от организации А поступила крупная сумма (около 50т.р., по назначениею платежа: оплата по счету такому-то за грузоперевозки). Затем около 500р из этой суммы было потрачено ИП на услуги банка, еще какую-то ерунду, остальная сумма была перечислена на счет организации Б.
Суть ситуации проста - мою ИПешницу попросили через свой счет перевести деньги в адрес третьей фирмы, а расхлебывать теперь это все мне.
Как грамотно закрыть такую ситуацию документами? Дело осложняется еще и тем, что в момент перевода средств ИП деятельность не вел, наемных работников не было.

Я вижу такие пути решения задачи: договор с организацией А на оказание транспортных услуг, где оговорить что услуги могут оплачиваться авансом (как правильно сформулировать такое условие?). Приложение об окончании действия договора.
Письмо от организации А с просьбой вернуть ее средства, путем перечисления их в адрес организации Б.
Как оформить потраченные суммы (их возврат?) что-то никак не придумаю.
Подскажите пожалуйста свои соображения по моему вопросу. Спасибо!