Строительство. Зактрытие инвестиционного контракта

Добрый день. Помогите, пожалуйста, разобраться. У нашей компании закрыт инвестиционный контракт на строительство гаража. В данном контракте прописана доля города, в цену которой включен НДС. Мы оплатили городу данную сумму с учетом НДС и тут встал вопрос о счет-фактуре, нам объявили, что Департамент имущества города Москвы не является плательщиком НДС, поэтому никаких счет-фактур не будет. Мы им написали письмо с просьбой вернуть сумму ошибочно уплаченного НДС, они НДС вернули и сказали, что мы должны самостоятельно его оплатить как агенты, но НК закрытый перечень ситуация, когда организация является агентом по НДС. Так как мы не агенты, т.к. Деп. имущества не хочет этих денег, значит, мы их никуда платить и не будем... ТАК???