И еще раз трудовой договор

Господа юристы, нужна помощь.

Есть организация (бюджетная), штат порядка 50 сотрудников. Организация давно существующая. И оказалось, что у них отсутствуют трудовые договоры. Но чтобы быть более точной, два ТД есть, причем оба срочные (без всяких оснований).
Все бы ничего, но организация оказывает платные услуги, т.е. на нее распространяются положения гл. 25 НК РФ.
Есть в НК противоречие между статьями 255 и 270 в части отнесения расходов по оплате труда на расходы, уменьшающие доходы.
Из первого абзаца статьи 255 можно сделать вывод: чтобы отнести ту или иную выплату к расходам на оплату труда, предприятию достаточно упомянуть ее в коллективном договоре. В трудовом договоре все виды выплат прописывать необязательно.
С другой стороны, в пункте 21 статьи 270 сказано, что вознаграждения, не прописанные в трудовом договоре с работником, нельзя учесть при расчете налога на прибыль.
И есть позиция МНС, по мнению которого, затраты, упомянутые только в коллективном договоре или системном положении об оплате труда, можно учесть в составе расходов лишь при условии, что к ним будет отсылать трудовой договор.
То что ТД необходимо заключить - это ясно.
ТД заключаем сегодняшней датой, дату начала работы -указываем фактическую дату (?) начала исполнения своих трудовых функций сотрудником. В ТД сделаем ссылки на коллективный договор, положение об оплате труда, положение о премировании, положение внутреннего распорядка.
Вопрос: надо ли оформлять дополнительные соглашения к ТД, по изменениям, которые были со дня приема и до даты заключения ТД по каждому сотруднику?
Что будет с затратами, отнесенными на расходы, если ранее не было ТД, а сейчас они заключены.
Возможно кому-то известны документы (лучше из арбитражной практики) по интересующему меня вопросу (я искала - что-то не нашла).
Буду благодарна за любой совет.