Что делать учреждению (очень нужен совет)

Добрый день, господа юристы.
Очень нужен совет.

Учреждение (бюджетное) проверяло КРУ. По окончанию проверки был представлен акт.
Учреждение в конце теста объяснительной указало «по пунктам заключения, не отраженным в объяснении по акту ревизии все замечания приняты к сведению и будут приведены в соответствие».
Сегодня учреждение получило предписание как должны быть устранены замечания.
Вопрос: возможно ли еще (учитывая фразу о согласии) оспаривать акт проверки?
Дело в том, что в акте были указаны нарушения ст.34,38 БК РФ (нецелевое использование), которых не было (причем по этому поводу есть и арбитражная практика).
Подскажите, пожалуйста, (я не юрист) как поступить учреждению: исполнить предписание и потом судится или все-таки возможны какие-то до судебные урегулирования (скажем, протокол разногласий..)

Попробуйте вначале "вживую" пообщаться с тем, кто подписал предписание или с исполнителем.
Во-первых, им тоже не нужны проигранные суды.
Но, во-вторых, у них есть "план по посадкам", так что проверок без выявленных "нарушений" быть не может.
Может, найдете компромисс (что-то вычеркнут, но что-то обязательно должно остаться).