Как оформить

Договор в вал. по курсу ЦБ на день опл. и 50% предопл.
Как оформить отгрузку-накл. в 1С ун.форма торг.12-распечатывается в руб.по курсу на день отгрузки,а счет-фактура в вал.

Можно по подробнее как вы это делали ?
И собственно, в чем вы работаете ?

ТОРГ-12 выписывается только в рублях. Поэтому или выставляете накладную в рублях, а затем счет-фактуру на суммовые разницы.
Мы выписываем накладные от руки в "простой форме", где указываем сумму в условных единицах, а после поступления оплаты выставляем ТОРГ-12 и счет-фактуру в рублях, иначе боюсь, что не пойдет сверка с Покупателями.