Освобождение от НДС в спорно-переходный период

Наша контора в своё время (с 01.01.06) решила освободиться от НДС. Период тот был, напомню, переходным. Лимит по выручке для перехода на без-НДС-ную систему вырос с 01.01.06 с 1млн.руб. до 2млн.руб., метод определения выручки для целей н/о изменился с оплаты на отгрузку.

До 20 января 2006 года мы отправили уведомление в ИФНС о том что больше не хотим платить ндс. Приложили все положенные документы. Так как на дворе был уже 2006 год, то к предыдущим трём месяцам (4кв2005) исходили из лимита в размере "2млн." и приложив листы книги продаж "по оплате", но для расчёта 2млн.руб. исходили уже из метода отгрузки. Приложили эти расчёты. По "оплате" получилось 3млн, по "отгрузке" 1,5млн.

На уведомление налоговая не отреагировала но в ходе недавней выездной проверки нам сказали что мы были неправы, от НДС освободились неправомерно и доначислили налога штрафов и пеней в объёме 1млн.руб.

Правы ли они?