Продажа продукции два раза

можно ли продать один и туже продукцию два раза: один раз как переработанный материал другой раз как отходы включенные в стоимость продукции?

Это как - два раза? Продали, а потом забрали и опять продали??? :)
Я так понимаю, что у вас остаются остатки (отходы), стоимость которых включена в цену продукции. Так? В этом случае вы должны их оприходовать на склад Д.10-К.20, а потом продавайте их на здоровье