Проблемы с остатками товара

Дорогие клерки, помогите разобраться. У нас оптовая продажа.
Я пришла на новую фирму, где уволили бухгалтера. Проблема в остатках по складу. Когда приходил товар, его принимали на склад, в базу вбивали номенклатуру (все по семизначным кодам, где у каждой позиции свой код), но при продажи списывались совсем не те коды, и закупочные цены ставились от балды. Соответственно именно по этим остатком был сформирован отчет в 1 квартале, где налог оказался большущим. Потом завели новую базу, пересчитали все фактические остатки, естественно они не бьются. Какие-то позиции уже давно не существуют и они проданы, а какие-то в излишке. Закупочная цена в остатках, которые были «до» больше закупочных цен остатков «после».
Как я могу это исправить. Моя цель, отправить уточненную декларацию и минимизировать налог. Если я оформлю договор с просрочкой платежа на покупку товаров, которые в излишке, а товар, которого не хватает я спишу, это будет правильно. Или лучше списать его, как брак? Может я сама запуталась и вас запутываю, но, очень прошу помогите разобраться.