Зачет НДС с аванса, когда?

Добрый день уважаемые клерки!
Возникла следующая ситуация:
Мы выполнили в апреле проектные работы, подготовили акт сдачи-приемки ОДИН на:
1. сумму по основному договору- X руб.
2. сумму по доп. соглашению №1-Y руб.
3. сумму по доп. соглашению №2-Z руб.
Итого сумма по акту X+Y+Z.
Заказчик акт не подписал, но оплатил сумму X как за выполненный работы. По сумме Y был аванс 100%.
А сумма Z зависла.
Самого акта у меня нет, так как он у них и не подписанный, но сумму X я включила в реализацию, поскольку мне обещали этот акт донести (я тогда еще не знала что он один на три суммы), да и деньги пришли. Акт они подписывать не хотят, какие то у них трения с нашим рук-вом, но в договоре прописано, что если в течении 3 дней они не вернули акт, значит они все приняли. Получается что сейчас я узнаю что мне надо перепровести апрельский акт на сумму X+Y+Z, и следовательно зачесть аванс надо было в апреле.
А еще мы 1 июля написали им письмо, что согласно условиям договора, раз они нам акт не возвратили, значит их все устроило, и попросили вернуть нам наши экземпляры, и произвести оплату суммы Z.
Так вот вопрос, могу я зачесь аванс в июне, или может быть на основании письма в июле? Или еще есть варианты, как быть?
Заранее прошу прощения если сумбурно объяснила, и буду ОЧЕНЬ признатель за помощь!

Вам по моему нужно дождаться подписанного Заказчиком акта. Может имеет смысл связаться с их бухгалтерией и узнать проводили они этот акт в апреле или нет? Может они его до сих пор не провели, тогда Вам можно будет переиграть дату акта (если конечно это нужно у Вас ведь помимо НДС еще и налог на прибыль, в смысле списания расходов, зависит от этой даты ). А если придется проводить апрелем, то просто подадите корректирующию декларацию по НДС ведь сумма к уплате в ней не изменится поэтому даже пени не будет.