Выездная проверка-доначислен НДС за 2006 год

В ходе выездной проверки было выявлено нарушение по НДС
за 2006 год
"В нарушении статьи 167 НК РФ организацией не правомерно определен момент возникновения обязанности по уплате НДС в 2006 году как день оплаты.
Всего по результатам выездной налоговой проверки установлено занижение налоговой базы по налогу на добавленную стоимость за 1 и 2 кварталы 2006 года на 499018 рублей"
Налоговый инспектор перенес счета-фактуры из 3 и 4 квартала в 1 и 2 квартал, в следствии этого в 3 и 4 квартале образовалось завышение налоговой базы,но это в акте не было отражено. Как правильно опратестовать действия налогового инспектора, так как в целом за год получилось НДС к возмещению и есть ли возможность вернуть переплату

Подать уточненки за 3-4 квартал и отразить сей факт в возражениях.
Переплату вернуть через налоговый орган будет невозможно (ст.78 НК РФ), а через суд - можно попытаться.

Уточненки за 3 и 4 квартал подали, но возражения не были приняты,сейчас готовим аппеляцию в вышестоящую ФНС.Какое решение может принять ФНС по аппеляции - назначить повторную проверку(чего не хотелось бы -не готовы снова у себя видеть налоговых инспекторов) или провести проверку только по НДС в целом за 2006 год?

Повторную проверку в данной ситуации?! Да никогда в жизни.
П.С. Кстати, повторная за 2006 год невозможна.

А почему не возможна "ст. 89 НК
10. Повторной выездной налоговой проверкой налогоплательщика признается выездная налоговая проверка, проводимая независимо от времени проведения предыдущей проверки по тем же налогам и за тот же период."
Я не хочу повторной проверки, но считаю что мы не должны платить то, что уже уплачено, НДС за 2006 год уплачен (даже переплачен) и при этом налоговый инспектор решил что мы еще должны государству 87т + пени,поэтому и пишу аппеляцию. Платили,платили - и еще и должны остались

Потому что начать проверять 2006 год уже нельзя.