Вид деятельности не указана в письме статистики

Если у организации один из видов деятельности не указан в письме статистики, то чем это грозит?

Ничем.
Только если это будет основной вид и будете открывать счет в банке, то банку не понравится, что вы занимаететсь тем, что не указано в статистике. Но это из разряда фантастики.