НДС у агента и обратная сила договора с Департаментом

Доброго дня, коллеги.
Ситуация.
Старый договор аренды гос.имущества исполнялся и после истечения его срока. Оплата осуществлялась по расчету, НДС исчислялся из этой суммы и платился в качестве агента в бюджет (условно говоря 198 руб. с базы 1100).
В июне регистрируется новый Договор аренды, в котором уточнилась (уменьшилась) площадь и теперь сумма 1000, соответственно НДС - 180 руб. Договор зарегистрирован в июне. Но в нем написано, что он применяется к правоотношениям, возникшим с 02 января (ст. 425 ГК).
Департамент акт сверки пока не дает (даст, но позже - после сдачи НДС).
Вопрос №1. Какой брать к вычету НДС за месяцы второго квартала: тот, который платился (198) или тот который должен был платиться (180)?
Вопрос №2. Что делать с первым кварталом? Варианты: ничего или уточненка или восстановление части вычета в декларации за 2-й квартал?

Насколько широко возможно толкование в данной ситуации
правовой нормы ст. 172
"на основании ... документов, подтверждающих уплату сумм налога, удержанного налоговыми агентами,..."
Имеется в виду вся сумма НДС, уплаченная по платежке в бюджет в качестве (со статусом) агента (02) или только та ее часть, которая исчисляется по договору?