Кап. ремонт в арендованном здании

Мы заключаем договор аренды, и в нем прописываем, что кап. ремонт производится за счет арендатора. Мы являемся арендаторами, как мы должны списывать затраты на этот ремонт? Стоимость здания увеличивается, но у нас оно на забалансовом счету, а у арендодателя его балансовая стоимость не увеличивается, так как он никаких вложений в это здание не делает. В итоге если мы списываем затраты как при текущем ремонте, стоимость здания увеличилась, но это увеличение нигде не отражается. Наверное после завершения договора аренды нам надо получить компенсацию наших затрат у арендодателя, но как это все оформить????

Если договором аренды прописано, что кап. ремонт - за Ваш счет, то никакого возмещения с них, никаких компенсаций. Вообще-то, арендатор обычно производит только текущий ремонт. А капитальный - обычно арендодатель. (статья 616 ГК). Но стороны могут договориться и иначе.
Насчет неотделимых улучшений арендованногго имущества - почитайте статью 623 ГК.

А кто сказал, что капитальный ремонт увеличивает стоимость?

Вы путаете с модернизацией/реконструкцией.
А кап.ремонт - это текущие расходы. И если договором предусмотрено, что вы его делаете за свой счет, спокойно относите его на свои расходы, а не приставайте с такими глупостями к арендодателю :)

Конечно, stas прав.
А конпенсацию получить все же можно, если это отражено в договоре и все изменения утверждены арендодателем (письменно).