Бонусы покупателям - торговым сетям

Наша организация, поставщик, и мы выплачиваем покупателям-торговым сетям бонусы от товарооборота. В договоре на поставку указано, что ТО берется без НДС. Недавно прочитала письмо Минфина 03-07-11/411, где сказано, что ТО берется с НДС.
Как теперь поступить? Можем ли мы ссылаться на договор?

ссылаться когда и в связи с чем?

ИМХО, платить или не платить бонусы - ваше право а не обязанность, поэтому, как прописали в договоре, так и будет правильно, я считаю