Надо ли платить НДС в России, товары из РБ?

ООО-УСН. Ввозим товар из Беларусии без НДС.Надо ли платить НДС в России?

Надо, если они облагаются налогом у нас.

Даже если у беларуссов не выделен НДС в документах?
Т.е наша организация платит НДС с суммы, что указана в договоре поставки?

Даже.
Да.

А если наша организация оформит договор комиссии,тогда платить НДС надо будет покупателю? А если он на общем режиме, он может беларусский НДС зачесть у себя?

А надо ли это вашему покупателю? Может.