Может ли БУ и КУ создавать счета в комбанке?

Вроде как нет. Смущает выдержка из 83-ФЗ по бюджетным учреждениям:

"Бюджетное учреждение осуществляет операции с поступающими ему в соответствии с законодательством Российской Федерации средствами через лицевые счета, открываемые в территориальном органе Федерального казначейства или финансовом органе субъекта Российской Федерации (муниципального образования) в порядке, установленном законодательством Российской Федерации (за исключением случаев, установленных федеральным законом)."

последнее в скобках уточните пож-та

Есть простой ответ на этот вопрос.
Если у Вас не было счета в банке, и Вам его не разрешали, его и далее не будет.
А у кого он был, он и будет, и они знают, почему он есть.
Т.е. пока ничего в этом плане не меняется. ;)