трудовой договор с гендиром

Он должен быть в организации? Если да, то кто его подписывает?

Аноним, ТД должен быть. Подписывает работник и уполномоченное общим собранием участников ООО лицо.

И почитайте http://wiki.klerk.ru/index.php/Директор_как_работник