Решение ФНС об отказе в возмещении НДС

ИФНС отказано налогоплательщику в возмещении НДС. Налогоплательщик пишет жалобу в УФНС. УФНС поддерживает ИФНС. На даном этапе налогоплательщик обнаруживает существенное нарушение процедуры в оформлении решения ИФНС и подает жалобу в ФНС. ФНС поддерживает мнение налогоплательщика и выносит решение об отмене решений ИФНС и УФНС, и также выносит новые решения об отказе в привлечении к ответственности налогоплательщика и решение об отказе в возмещении НДС.
Правомерны ли действия ФНС в данном случае? Может ли ФНС просто взять так и отменить все решения и вынести новое "без нарушения процедуры". Спасибо!