Как поступить при нарушении сроков?

Как следует поступить в такой ситуации:
Заявление участником ООО о выходе и выплате доли написано им в 2009 году.
1) Налоговая не откажет в перерегистрации и его исключении, спустя более чем полтора года?
2) На момент написания фирма была в минусе, означает ли это, что действительная стоимость равна нулю?
3) Мне нужно увеличить Уставный капитал путём внесения реальной денежной суммы? Чтобы восстановить его до минимального.

Иными словами нарушены сроки по внесению изменений, распределению долей.