Целевые взносы и НДС

Взимается НДС с целевых взносов (возмещение затрат на содержание материально технической базы полученной на средства гранта)

Нет.

Обоснование почему нет.
В нашей организации поступления: вступительный взнос, пожертвование на развитие школы и целевые взносы (***). На днях закончилась лицензия на образовательную деятельность, в связи с рег. палатой задержали документы по лицензированию должны скоро получить. В налоговой по НДС требуют копию лицензии для подтверждения льгот по НДС. Как в таком случае быть с НДС.

Если это действительно "целевые взносы", то никакого НДС. И дело не в льготах по НДС, дело в отсутствии самой базы по НДС в случае целевых взносов. Прочитайте ст.146 п.1.