Изменение документов в распределенной БД

Возникла следующая ситуация:
В переферийной базе созданы и проведены 3 расходных накладных на одного контрагента. Ночью данные выгружены в центральную базу. На следующий день в переферийной базе указанные документы помечены на удаление, создана и проведена новая расходная накладная, а в центральной базе запущено групповое проведение документов с восстановлением последовательности.
При следующей загрузке в переферийной базе оказалось 4 проведенных расходных накладных (вместо 3-х помеченных на удаление и 1 проведенной).

Как избежать указанной ситуации?

Судя по описанному Вами "центральная" база является главенствующей по отношению к "переферийной". Т.Е. если, допустим, в переферийной поправить какое-нибудь значение, которое есть в центральной - центральная такое изменение проигнорирует. Если же заводить новый документ (которого нет в центральной) - тогда пожалста! :О) Отсюда, ИМХО, лечение - поудалять в центральной базе 3 неправильных накладных и синхронизоваться с переферией.