перевод в 46 налоговую

Организация состоит на учете в налоговой Московской области по месту юридического адреса, можно ли перейти на учет в 46 налоговую в Москве?

нет, конечно :) Начнем с того, что 46-я налоговая только регистрацией занимается и никто на учете там не состоит :D
Если Вы хотите переехать в Москву, меняйте юридический адрес и будете зарегистрированы в налоговой по месту этого адреса