Требование взыскания пеня после подписания безпретензионного акта

Добрый день, коллеги!
Хотелось бы узнать, сталкивался кто-либо на практике с подобной ситуацией:
Организация в июле 2010 года выиграла аукцион, заключила государственный контракт с Министерством развития предпринимательства и торговли на выполнение исследовательских работ. Работы были выполнены с просрочкой на 12 календарных дней. Акт подписан обеими сторонами. В акте имеется следующая формулировка: "Роботы выполнены качественно и в срок, предусмотренный государственным контрактом. Стороны не имеют взаимных претензий".
Спустя 1 год (совсем недавно) они присылают нам претензию с требованием об уплате пени за просрочку выполненных работ в размере 135 800 рублей (по гос.контракту пеня рассчитывается 20% от цены контракта).
Я задумалась...указанная выше формулировка акта, на мой взгляд, исключает возможность предъявления требования о взыскании пени за просрочку, т.к. в акте факт просрочки они не указали, более того, написали, что работы выполнены в срок, претензий не имеют.
Жду Ваших мнений...

Как зафиксирована просрочка в 12 дней?

Никак не зафиксирована. Просто в договоре указано,что работы выполняются в течение 40 календарных дней с момента подписания контракта,соответственно можно четко определить день завершения работы,мы же работу сдали с просочкой на 12 дней...

Если дата фактической сдачи работы нигде не зафиксирована, то тогда какие основания у заказчика для выставления санкций?

Контракт заключен 28.07.2010
40 календарных дней на работу, т.е. 05.09.2010 работа должна была быть выполнена
Акт приема-передачи подписан 17.09.2010
Они утверждают,что о просрочке свидетельствует дата подписания акта...
Понятно,что момент завершения работы и подписания акта во времени могут не совпадать, но я на самом деле не знаю,какие у них там еще доказательства могут быть,может они смогут представить суду документы,свидетельствующие о просрочке,т.к. в период проведения работ им постоянно передавалась в нашей стороны какая-то документация,ну что-то наподобие поэтапной сдачи работ.эти документы найти не могу,руководство поменялось уде 10 раз...короче есть только контракт и итоговый подписанный акт...
Даже если дата зафиксирована, подписав акт без претензий к срокам, разве они могут впоследствие ссылаться на неисполнение нами обязательства по своевременной сдачи результата работ...?!...вроде не такой уж и сложный вопрос,а подвох есть...