Прибыль

а убыток в программе после реформации должен равняться убытку, который получился по налогу на прибыль в декларации? (просто у меня почему-то небольшие расхождения)

Не должен.

если у Вас бухучет расходится с налоговым - конечно, будут расхождения и в сумме убытка.