Порок оформления решения по камеральной проверке

Налогоплательщик подал уточненку по НДС за 3-й квартал 2008 г. с увеличением вычетов по НДС на 1956590 руб. за счет материалов продукции, отправленной на экспорт. К тому времени НДС на 3181197 руб. по услугам (другой налоговой, где раньше стояли на учете) уже возвращен.
По окончанию камерлки получили 3 решения

В начале текста РЕШЕНИЯ № 1 имеем:
На основании вышеизложенного по результатам выездной налоговой проверки следует :
1) доначислить по лицевому счету НДС за 2008г., подлежащий уплате в бюджет в сумме 1 155 669 руб., провести к уменьшению 161 374 руб., так как налоговый вычет по экспортным операциям не подлежит возмещению, в том числе :...
2) отказать в возмещении НДС по экспортным операциям за 2008г. в суммах : ...
А вот в резолютивной части решения имеем:
...Руководствуясь статьей 101 Налогового кодекса Российской Федерации,
РЕШИЛ:
1. Отказать в привлечении Общества с ограниченной ответственностью «ООО» к налоговой ответственности на основании ст. 109 налогового кодекса Российской Федерации
2. Внести необходимые исправления в документы бухгалтерского и налогового учета.
А далее про возможность обжалования...

В РЕШЕНИИ № 2 имеем:
и одновременно решение об отказе в привлечении н/пл к ответственности за СовершНалПравонар 20.10.2011 № 1, вынесенным заместителем начальника Инспекции Федеральной налоговой службы по г. М--и Московской области Т.Т.Т.
УСТАНОВИЛ:
1. Применение налоговой ставки 0 процентов по налогу на добавленную стоимость по операциям по реализации товаров (работ, услуг) в сумме 88122899 руб. обоснованно.
2. Применение налоговой ставки 0 процентов по налогу на добавленную стоимость по операциям по реализации товаров (работ, услуг) в сумме 0 руб. необоснованно.
3. Применение налоговых вычетов по налогу на добавленную стоимость в сумме 1956590 руб. необоснованно.
4. Завышение (занижение) налоговой базы в сумме -1149 руб.
Руководствуясь пунктом 2 статьи 176 Налогового кодекса Российской Федерации
РЕШИЛ:
Отказать Обществу с ограниченной ответственностью «ООО», в возмещении налога на добавленную стоимость в сумме 1 956 797 руб.

В РЕШЕНИИ № 3 имеем:
...и документов, представленных налогоплательщиком и одновременно решение об отказе в привлечении н/пл к ответственности за СовершНалПравонар 20.10.2011 № 1,вынесенным заместителем руководителя Инспекции Федеральной налоговой службы по г. М--и Московской области Т.Т.Т.
УСТАНОВИЛ:
1. Применение налоговой ставки 0 процентов по налогу на добавленную стоимость по операциям по реализации товаров (работ, услуг) в сумме 88122899 руб. обоснованно.
2. Применение налоговой ставки 0 процентов по налогу на добавленную стоимость по операциям по реализации товаров (работ, услуг) в сумме 0 руб. необоснованно.
3. Применение налоговых вычетов по налогу на добавленную стоимость в сумме 1956590 руб. необоснованно.
4. Завышение (занижение) налоговой базы в сумме -1149 руб.
Руководствуясь пунктом 3 статьи 176 Налогового кодекса Российской Федерации
РЕШИЛ:
Возместить Обществу с ограниченной ответственностью «ООО», налог на добавленную стоимость в сумме 3181197 руб.

Обжаловали в суде 1-е (отменить п. 2) и 2-е - отменить в полном объеме. На предварительном заседании, подробно изучая 1-е решение, судья вопросил у инспекции, мол какие же изменения надо внести в документы бухгалтерского и налогового учета, и настойчиво порекомендовал инспекции к следующему заседанию возместить. Представитель инспекции помялась и обещала посоветоваться с "ИванИванычем".

Таким образом, получилось что отказ в возмещении (РЕШЕНИЕ №2) ни на чем не основан?
Т.е. есть основание по формальному признаку (неправильно оформленное РЕШЕНИЕ № 1) снести отказ в возмещении? Вопрос связан с нежеланием налогоплательщика нести в суд 6 коробок документов по камералке, чего фактически затребовал судья.