? Приходуем по договору, платим по счетам. Возможны проблемы?

У нас заключён Договор поставки с поставщиком сырья. К Договору поставщик делает спецификации на каждую поставку. А в платежных поручениях на оплату мы пишем, что оплата за сырьё по счёту № .. дата .. Имея ввиду оплату сырья, поставленного по Договору.

Имеет ли основания поставщик требовать перечисления оплаты именно по Договору поставки и не засчитывать в оплату поставленного сырья наши платежи, в которых назначение платежа – «по счёту»?
В Договоре нет поминания о счетах.

Влияет ли на ответ запись в Товарных накладных от поставщика в графе Основание «Договор поставки №.. дата..»?