КМП по НДС (общие вопросы)

Добрый день! У нас КМП по НДС (возмещение 1,5 млн).
1.Среди счет-фактур, предъявленных к вычету есть счет-фактура на транспортные услуги, договор с перевозчиком самый обычный, перевозки (доставка до покупателя или до перевозчика междугороднего), в актах указаны маршруты в общем выражении: "транспортные услги, число" цена, кол-во часов, счет-фактуры составлены без нарушений... вото только ни один этот маршрут не подтвержден товарно-транспортными накладными. Это, понятно, наша вина и беда, но это факт. Как вы думаете, возможен ли вычет, и что я могу предпринять в ходе камеральной проверки, чтобы его получить.
2. У меня были большие расходы на оформление допуска к торговому обороту производимой нами продукции (такое целое исследование института, только при наличии которого определенный покупатель купить у нас продукт) , во втором квартале эти допуски "закрыли" документами, выпуск продукции начался только в 3 квартале. Во втором квартале я учла эти расходы на 08 счете и приняла к вычету НДС, списываю пропорционально выпуску... Вот и думаю, в этом плане правильно ли я поступила, приняв к вычету НДС?
Спасибо.