Аренда муниципального имущества (Штрафы, пени, НДС)

Подскажите пожалуйста, ООО на УСН (доходы-расходы), арендует муниципальное имущество, за несвоевременную уплату арендных платежей Департаментом имущества г. Москвы были начислены пени, это было в октябре 2012г., нужно ли было начислять на пени НДС, вопрос насколько помню был спорный? Но было письмо Минфина РФ от 18.05.2012г. № 03-07-11/146. Недавно вышло письмо Минфина РФ от 12.04.2013г. № 03-07-11/12363 с информацией о не включении в базу по НДС сумм штрафов и пени, как все таки поступить сейчас, в 2013г., начислять или нет НДС на сумму пени и правильно ли я сделала начислив их и уплатив в бюджет в прошлом году? Как бы поступили вы, коллеги?

Забыла уточнить, НДС уплачиваем с арендных платежей как налоговый агент. И можно ли брать суммы пени в расходы при УСН? И НДС на эти суммы если он был начислен и перечислен в бюджет?