Документы при погрузочно-разгрузочных работах

Добрый день! Наша организация заключила договор аренды склада, где мы храним материалы. Также , с этим же юр. лицом мы заключили договор на осуществление погрузочно-разгрузочных работ. (т.е мы, или транспортная компания, доставляет материалы до склада, а они разгружают и складируют на складе; и также наоборот-при необходимости мы подгоняем авто, и они со склада грузят в нее то, что надо). Работы они осуществляют и ручным, и механизированным способом (их машины).
Подскажите, плз, какие бумаги должны быть оформлены между нашими организациями (помимо договора, счетов, счет-фактур)? (чтобы и они были удовлетворены, и налоговая при проверке не сняла бы эти расходы у нас). Каким документом они отчитываются перед нами о проделанной работе?

Актом, подтверждающим оказание услуги согласно условиям договора.

А в этом акте должно быть указано-сколько материалов, вес, и т.д., или можно одним актом за месяц, в котором будет указана сумма за произведенные работы?

Вы себе этот вопрос задайте. Нужно - указывайте. Мне, например, абсолютно не интересно сколько кг мне разгрузили, если тариф не по весу.

Если акт будет недетализированным, при проверке налоговая не снимет эти расходы?

Смотря что вы подразумеваете под детализацией. Если вы нанимаете погрузчик на 2 часа*100 рублей, грузите им гвозди и не укажите в актах, что гвозди были оцинкованными и весили 100 кг. никто у вас ничего не снимет.