чем отличается и как отобразить эти операции в банке

как в 1 с.8.отобразить назначения платежа.. "перечисление зп через реестр" и "для зачисления зп по реестору"

Одинаково.
Ведомость на выплату з/п через банк, списание с расчетного счета: перечисление з/п