Как сормулировать условия оплаты (курсы) в договоре с нерезидентом

Мы молодое Турагентство. Впервые клиенты-нерезиденты. Изначально (будучи неверно проинформированными партнерами-контрагентами , что контрагенты-японцы не смогут перечислить рублями на наш расчетный счет) подписали договор с такими формулировками:
... 1.2. Перечень услуг , необходимых Принципалу, их стоимость, дата и время начала и окончания мероприятия (поездки) , его продолжительность указываются в Приложениях и Сметах к настоящему договору"....
2.3. Счета выставляются в рублях
2.4. Оплата счета осуществляется Принципалом в течение трех рабочих дней со дня получения или в иной срок, согласованный сторонами в соответствующих приложениях. Оплата считается произведенной только с момента зачисления денежных средств на расчетный счет Агента....

29.11.2013 два договора и два счета от на сумму 1 218 000 руб. и 493 200 руб. = 1 711 200 руб.
24.12.2013 отправили нам ден.средства японцы
27.12.2013 на наш транзитный валютный счет поступила сумма 51 336 USD (1677198.46 руб. по выписке Банка)
Сумма довольно странная, почти на тысячу долларов меньше
Уточнить у контрагентов по какому курсу они перечисляли не удалось - праздники наступили. Выйдут на связь японцы только 6.01.2014.

30.12.2013 при предоставлении Справки о валютных операциях в наш Банк, получили отказ Валютного отдела (помимо исправленных оформительских пунктов) с указанием причины «поясните курс пересчета рублей в доллары».
Консультируя по телефону, специалисты отдела валютного контроля порекомендовали заключить Доп.соглашение к договору и прописать курс пересчета руб/доллары (ЦБ, или какой-либо Институт).
Японцы подпишут доп.соглашение, но
1) как правильно сформулировать текст и прописать курс, чтобы «не попасть в просак»? Чтобы не нарушить инструкцию 138И и не попасть на санкции ЦБ и т.д.
Как я понимаю, первоочередная задача выяснить у японцев по какому курсу они нам переводили?...

2) И нам еще предстоят с ними договора, как в них лучше прописывать курс, чтобы с наименьшими потерями на курсовых разницах?