Временно пребывающий оказался временно проживающим

Добрый день!
Подскажите пожалуйста, у нас с января 2013 года по трудовому договору устроена гражданка Казахстана, все было прекрасно и понятно пока она была для нас временно пребывающей. Но вчера к нам поступил больничный лист, разбираясь почему оказалось, что с июля 2013 она стала временно проживающей и вообще беременная и скоро принесет б/лист по БИР. На вопрос почему не сообщила ответ простой- не спрашивали.
Как я понимаю в такой ситуации нужно доначислить страховые, заплатить пени в ФСС и тоже самое по ФФОМС в ПФР. Но я не понимаю с какого момента считать пени и взносы. Если штамп в паспорте от 12.07.2013, то мы считаем с этой даты или берем в целом ЗП за июль?