Приходные документы акт на расхождения

Уважаемые господа!
Прошу поделиться мыслями:
ситуация- поставщик нам присылает товар в коробках- единица измерения - упак.
мой директор просит меня приходовать весь товар в килограммах, т.к. заявленное кол-во не соответ. действительному. Я составляю акт перевода из одной ед.измерения в другую, и приходую товар согласно акта.
Что бы не плыла сверка, я на основании этого акта, приходую на ту же сумму, но только фактическое кол-во в килограммах, все подгоняется ценой.
Далее поставщик мне - ничего не меняет, к учету я подшиваю акт, к счет фактуре в том числе.
Аргумент следующий: сумма прихода совпадает- значит совпадает НДС, приходные документы на нужную сумму и входной ндс, т.к. он считается от суммы - есть.
Я категорично с этим не согласна, не думаю что налоговая посмотрев счет фактуру - обратит внимание только на столбик с итоговым ндс?
Может быть я не права?

Т.е. Вы недопоставку регулируете ценой, а не предъявляете претензию поставщику?

фактически да. Так. поставщик у себя менять ничего не хочет. а мы - что бы не вешать разницу на списание- принимаем - сразу по факту, корректируя все ценой.