литеры

Должен ли быть в организации како-либо документ, утверждающий расшифровку литер на приказах?

Нет. Да и литеры вовсе не обязаны иметь какую-то расшифровку.

в нашей организации приказ №5к относится к кадровым приказам, а в другой, например "к" обозначает командировку, а кадровые-№5ш...