Срок исковой давности по одностороннему изменению условий ТД

Здравствуйте!

В организации (бюджетное учреждение) трудится сотрудник. До 2008 года получал надбавку в размере 24% за вредные условия труда. Данная надбавка прописана в трудовом договоре. В 2008 году отбавку отменили. Работника не предупреждали. Дополнительного соглашения на отмену надбавки не заключали. Часть надбавки заменили ежемесячными премиальными. Т.е. в денежном выражении работник потерял по минимуму. Дополнительный отпуск в размере 14 календарных дней оставили. Теперь премиальные отменили. В итоге сотрудник оказался и без надбавки и без премиальных. Срок исковой давности по трудовым спорам 3 месяца с момента того как сотрудник узнал, или должен был узнать о нарушении. Т.е. получается теперь сотруднику претендовать не на что? Или есть какие то варианты? Заработная плата ведь должна соответствовать трудовому договору и дополнительным соглашениям.