Помогите пожалуйста инвалиду перевыставить счет-фактуру.

Ситуация. Мне выставили счет на товар. Я счет оплатил. Товар пришел, но по пути часть товара стащи грузчики из ЖелДора. К тому же какое то количество товара я взял для бесплатных образцов . Теперь смогу ли я перевыставить выставленный мне счет на компанию покупателя , ведь часть товара уже как бы уже «ушел», а перевыставлять счет нужно наверное на весь товар который был выставлен продавцом. Я ООО на УСН (доходы минус расходы). Покупатель ООО на общем режиме налогообложения. После тяжелой черепно-мозговой травмы - самому разобраться уже тяжело.
Заранее благодарен за ответ.

Почему речь о "перевыставлении"? Какой договор у вас заключен с покупателем (купли-продажи или комиссии)?
В любом случае передать вы можете покупателю только то, что получили

Договор комиссии. Товар теперь выбрасывать и заказывать новый?

Что выбрасывать? То, что стащили, его уже нет. На этот товар надо претензию перевозчику предъвялять.
А то, что все-таки дошло, то и передать покупателю. Накладная и счет-фактура будут на меньшие количество и сумму. Или он у вас отказывается не полный заказ принимать?

Ладно – разберемся. Доложу из другой партии. Не поможете перевыставить счет? Все данные скину.