Кто должен получать страховое свидетельство?

Уважаемые клерки подскажите пожалуйста, кто должен получать страховое свидетельство сам сотрудник или отдел кадров организации и как его получить?

Лицо, впервые поступившее на работу по трудовому договору или заключившее договор гражданско-правового характера, на вознаграждение по которому в соответствии с законодательством Российской Федерации начисляются страховые взносы, получает страховое свидетельство обязательного пенсионного страхования через страхователя или самостоятельно в территориальном управлении ПФР по месту жительства.

http://www.pfrmsk.ru/pu/st/1/index.htm
Вот здесь можно почитать и посмотреть о бланках заявлений, порядке их подачи в ПФР, порядке получения страхового свидетельства.

А если сотрудник имеет постоянную регистрацию в одном городе а временную в другом, где он должен его получить?

Даже не знаю, советую позвонить в ПФР и уточнить. Но я думаю, что все же Вы можете это сделать через свое отделение ПФР.