Грузоперевозки. Неправомерность использования режима Общего налогообложения.

День добрый!
Проведена выездная проверка предприятия. В проверяемом периоде предприятие помимо основного вида деятельности - общестроительные работы (общее налогообложение), осуществляло автотранспортные услуги по перевозке грузов (подпадает под ЕНВД).
Предприятие не вело раздельного учёта и транспортные услуги попали под общее налогообложение (игнорировало обязательность ЕНВД). На грузовые перевозки выставлялась счет-фактура.
Налоговая инспекция указала на обязательность ЕНВД по грузоперевозкам и из этой ситуации выделило только неправомерное возмещение НДС по затратам, которые относились к транспортным перевозкам, т.е. урезало нам книгу покупок, но не засчитало НДС, отраженный в книге продаж.
Так же налоговики начислили нам ЕНВД за проверяемый период.
Правомерен ли данный подход? На какие законы сослаться, чтобы оспорить данную ситуацию в возражении к акту налоговиков.
Аналогично они поступили с прибылью. В акте обязывают предприятие только сократить расходную часть по затратам, относящимся к грузоперевозкам. Объем данных затрат рассчитали пропорционально доли выручки по грузоперевозкам относительно общей выручки. Т.е. доначисляют нам налог на прибыль, высчитанную от суммы полученных затрат. Про доходную часть скромно умолчали.
Правомерен ли данный подход? На какие законы сослаться, чтобы оспорить данную ситуацию в возражении к акту налоговиков.

По НДС правомерно, а по прибыли нет. Делить пропорционально затраты можно только те, которые невозможно точно отнести к определенному виду деятельности. И доходную часть, соответственно, уменьшить тоже надо

А разве енвд дело теперь не добровольное?

Теперь - добровольное, но у автора, видимо, проверяют тот период, когда ЕНВД был обязательным.

Проверяемый период 2011-2012 год.В этот период ЕНВД- обязательный режим.

Напомните пожалуйста о возможности применения общего режима налогообложения при грузоперевозках, если они составляют по выручке малый объем от общего объема выручки. Процент объема и где прописано?

Не было и нет такого в законодательстве.