Штрафы за уменьшение НДС к уплате

Добрый день!

Компания начислила и уплатила НДС по итогам квартала.
Затем, подала уточненную декларацию, в которой значительно уменьшила НДС.
Приходит акт камеральной проверки, в которой указано, что компания проигнорировала требования о предоставлении документов. Требование было отправлено по системе ТКС. На самом деле компания НЕ получала требование.
Кроме того, в акте указано, что компания неправомерно уменьшила сумму налога, поэтому налоговая на уменьшенную сумму начислила штраф, хотя налог был уплачен.

Подскажите, как правильнее поступить?

Думаю, сначала нужно разобраться с отправкой требования через оператора. Если факт был - получить требование, отправить в ответ квитанцию и передать документы. Может потребоваться письмо от оператора об отсутствии вины абонента в неполучении требования. А дальше разбираться с штрафом и с уменьшением НДС.