НДС, подача корректирующего варианта.

Позвонили с налоговой насчет декл по НДС и Прибыли за 2012 год!!
Сказали, что не идет НДС (Раздел 3,строка 10, "Реализ.товаров/услуг") с Прибылью (Лист 2, стр 10 "доходы от реализации")
Начала проверку в своей программе 1С, вообще, не смогла понять почему у них со мной не сходится. У меня все сходится.
Запросила у ИФНС отчетность, которая поступила к ним за 2012 год. (НДС за 1, 2, 3, 4 кварталы 2012года и Прибыль годовой) за 2012 год.
И обнаружила... вообще, не могу понять как такое могло быть...
По моим данным в моей программе 1 С :
декл по НДС: 1 кв, 2 кв, 4 кв - нулевые декларации (деятельность отсутствовала).
а 3-й квартал (был с деятельностью: НДС к уплате 3700 руб. (налоговая база 9 099 830 руб., сумма НДС 1 637 970 руб.
налоговый вычет: 1 634 270 руб. ) итого к уплате НДС за 3 -й квартал 3700 руб.

По данным отчетов , находящихся у ИФНС, 1кв и 4 кв - нулевые
3-й квартал как и у меня (НДС к уплате 3700руб)
Но у них почему-то 2 кв-л 2012 года с деятельностью!!!!! В отличии, от моих данных
И суммы там не маленькие (Налоговая база 4 426 695 руб, Сумма НДС 796 805 руб, Налоговый вычет 789 546 руб)
отчетность за 2012 год подавала не я, я тогда еще не работала в этой фирме, поэтому вопросы задать не кому(.

Я в шоке.. Пересмотрела все отчеты по этой фирме за 2012 год, кстати, отсутствует в бумажном именно этот спорный 2-й кв по НДС (др. бух был тогда и сдавалась отчетность через почту) Декл по Прибыли бумажный вариант , находящийся у меня и у ИФНС сходится.. и в декл по Прибыли прослеживается только активный 3-й кв-л по НДС..
Я скопировала свою базу 1С, в копии сформировала всю отчетность по НДС за все кварталы 2012 года.. Все пересмотрела... Сформировала Прибыль....
У меня 2-й квартал НДС нулевой!!! (деятельности не было!)
А у налоговой 2-й квартал с активной деятельностью...
В итоге, я понимаю, что мне надо уточненку подать по этому "несчастному" 2-му кварталу по НДС, который у меня нулевой, а у налоговой с показателями!

Прибыль по данным отчета , взятым из ИФНС, сходится с моими данными по НДС , если 1, 2, 4 кв-лы нулевые, а 3-й квартал с показателями, соответствующими данным по Прибыли за 2012 год.

Я в сомнениях, что же делать?
Подать корректирующий вариант по 2-му кварталу нулевой НДС?
Но не воспримет ли ИФНС (полагаясь на имеющиеся у них данные по 2-му кварталу с показателями), что мы что-то укрываем? ведь , получается мы подали НДС с показателями за 2-й кв 2012 года, а тут я подам нулевой за 2 кв. 2012 года?
Подскажите, что будет от ИФНС, из=за вдруг исчезнувшей реализации по НДС за 2-й кв?