Передача прав на сайты и домены по лицензионному договору от учредителя

Помогите... голову сломал)))

учредитель владеет сайтами, размещенными на его личных доменах. Доход от сайтов (реклама) получает ООО. У учредителя есть только справка от регистратора доменов. В идеале, учредитель хотел бы получать авторское вознаграждение - процент от выручки раз в месяц, те чаще чем дивиденды (раз в квартал)

Нужно ли документально легализовывать данную ситуацию?
Может ли учредитель передать ООО право на использование своих произведений - сайтов (совокупность текстов и тп) по лицензионному договору ?
Нужна ли регистрация этого произведения и как ее осуществить?
Может ли учредитель выступать как физлицо (если выплаты будут регулярными) или обязан регистрировать ИП?

Ну и сумбур.
Не сайтами он владеет, а зарегистрировал за собой доменные имена.
Авторское вознаграждение - за что? Перечень охраняемых произведений приведен в ч. 4 ГК. Вы к каким из них сайт смогли отнести? Условия правовой охраны определяются типом произведения.
Авторские можно получать, не будучи ИП, но они облагаются всем, кроме ФСС.
И, наконец, ООО получает доход не от использования произведений, а от размещения рекламы.

Позвольте не согласится. Это не сумбур - просто много разных законодательных штук затрагивается в данном вопросе.

на доменных именах размещены сайты (программы, сервисы, тексты и тп) очень много и дорого)))

Из ГК РФ части 4 (Статья 1259) следует, что регистрация программ для ЭВМ осуществляется по желанию правообладателя.
Много в нете информации по авторским правам, что регистрация ПО - излишняя мера, оправданная только для суперуникальных разработок.
Взамен гос. регистрации обязательно и достаточно, чтобы программный пакет содержал маркировку авторства, используя общеизвестный значок (c) (или ©).

учредитель хочет получать выплаты по лицензионному договору - я не могу найти информацию, какими налогами это облагается

какая разница, как получен доход от использования сайтов?

Уже хорошо, мы выяснили, что речь идет о ПО. Ибо "сайт" - вещь многокомпонентная и в ГК не упоминаемая.
Получается, работники ООО непосредственно используют это ПО, чтобы вывесить рекламу на сайты?

Чем облагается, уже отвечено.

Ситуация прояснилась - остался один вопрос:

итак - если ООО продает рекламу на сайтах, расположенных на доменных именах, принадлежащих учредителю,
каким документом оформить это? чтобы было обоснование для покупателей рекламы, почему сайты используются юрлицом.

Вы определитесь, у ООО имеет место пользование сайтом как рекламной площадкой, или же использование некоего ПО. Это разные вещи.
Доменное имя вообще непередаваемо, можно только перерегистрировать. Как телефонный номер, например.
Если вникать ни во что не охота, а платить надо, наверное, прокатит и "за пользование сайтом (для размещения рекламных материалов)". Если все налоги-взносы начислите, вряд ли выплату будут оспаривать. Включение же в расходы больше зависит от направленности данных выплат на получение вами дохода, а не от формулировки.