действия ИФНС при смене ЗАО на ООО

Здравствуйте,
Компания сменила вывеску: ЗАО на ООО еще в июне.
Получается, что в налоговой образовалось 2 базы: одна на ЗАО, вторая - на ООО.
При сдаче отчетности 6-НДФЛ ООО продолжает показывать начисления с начала года (и ИФНС так же сказала делать).
Но , поскольку базы не объединены, то по одной компании - переплата, по второй - недоплата по налогу.
ИФНС требует заплатить сначала, начисляет пени и заблокировала р/счет.

ВОПРОС: какой срок отведен для налоговой что бы привести базу в нормальный вид?

СПАСИБО

всегда думал что в налоговой учет не по ЗАО или ООО, а по ИНН