Зачет задолженности по вып. услугам в счет выданного займа. Можно ли?

Мы предоставили организации займ. Она нам оказывает услуги. МОжно ли проводить зачет в данном случае?

Можно. Требования встречные, однородные.

А как же НДС? Однородность в налоге?

Про однородность налога - это что-то новенькое. :)
Выглядит все следующим образом:
Например, стоимость услуг 100р + НДС 18р. (всего 118р)
займ 200 руб. (без НДС)
Можно провести зачет на сумму 118руб.
В акте надо прописать, что погашается задолженность по услугам в сумме 118руб (в том числе НДС 18руб.) и задолженность по займу 118руб.
Что Вас смущает?

Уже ничего не смущает :-)
Благодарю